Der Haushaltsentwurf des Office of Management and Budget zielt nach eigener Darstellung darauf ab, die Abläufe der Behörde zu verschlanken. Gestrichen werden sollen mehrere Programme, die die Regierung für redundant hält. Dazu zählen Initiativen zur Schulsicherheit, die sich nach Auffassung der Regierung mit bereits bestehenden Angeboten von Bundesstaaten und Bund überschneiden.
Darüber hinaus sieht der Vorschlag vor, Büros für internationale Angelegenheiten und für die Einbindung von Interessengruppen aufzulösen. Auch Programme, die sich gegen Falschinformationen und Propaganda richten, sollen eingestellt werden. In der Begründung wirft die Regierung der Behörde vor, sich mehr mit Zensur als mit dem Schutz kritischer Systeme befasst zu haben.
Die geplante Kürzung um 707 Millionen Dollar würde das CISA-Budget auf etwa zwei Milliarden Dollar drücken. Ein ähnlicher Vorstoß war bereits zuvor unternommen worden: 2025 schlug das Weiße Haus eine Kürzung von 491 Millionen Dollar vor, die nach Widerstand des Kongresses auf rund 135 Millionen Dollar reduziert wurde.
Das Budget der CISA war unter der vorherigen Regierung deutlich gewachsen. Auslöser waren große Sicherheitsvorfälle, etwa die Angriffe auf SolarWinds und Colonial Pipeline.
In den ersten Monaten der zweiten Amtszeit Trumps verließen Berichten zufolge rund 1.000 Beschäftigte – etwa ein Drittel der Belegschaft – die Behörde durch freiwillige Kündigungen und Entlassungen; das Weiße Haus hatte einen erheblichen Stellenabbau angestrebt. Inzwischen will die CISA jedoch mehr als 300 Personen für besonders wichtige Aufgaben einstellen.
Personell gab es zuletzt weitere Veränderungen: Nick Andersen wurde zum kommissarischen Direktor der CISA ernannt. Er war zuvor als Executive Assistant Director für Cybersicherheit bei der Behörde tätig und folgt auf Madhu Gottumukkala, der zum Department of Homeland Security wechselte. Präsident Donald Trump nominierte zudem erneut Sean Plankey für den Posten des CISA-Direktors.